Joel, o único sobrevivente que perdeu sua filha adolescente quando o apocalipse começou, está em uma missão para tirar Ellie, de 1 ano da quarentena. A jovem é a única pessoa conhecida por ser imune ao fungo e deve se recuperar. Mas para isso, Joel deve viajar pelos Estados Unidos até um hospital onde possa ser desenvolvido um medicamento. Durante a jornada, os dois encontraram vários perigos, incluindo criaturas famintas e mercenários que estavam dispostos a atirar primeiro e fazer perguntas depois. 

A história de The Last of Us começa em setembro de 2013 nos subúrbios de Austin, Texas, onde conhecemos Joel Miller e sua filha, Sarah. Sarah dá a Joel um relógio de aniversário, antes de adormecer. Ela logo acorda, no entanto, com o toque do telefone. Ela atende, encontrando seu tio Tommy do outro lado da linha, querendo falar com urgência com seu pai.

Ela se levanta para procurá-lo, assistindo a um noticiário antes que uma explosão à distância interrompa a transmissão. Ela desce as escadas no momento em que seu pai entra freneticamente em casa, pegando uma arma antes que seu vizinho Jimmy arrebente a porta de vidro da casa. Jimmy, que Joel afirma estar “doente”, ataca os dois e Joel é forçado a atirar neleTommy chega na casa e os dois se juntam a ele em seu carro, encontrando uma cidade em total caos no caminho. Ao entrarem na cidade na tentativa de chegar à ponte para escapar, a encontram congestionada por todos que tiveram a mesma ideia. Eles logo são atacados por um paciente que escapa do hospital próximo, forçando-os a acelerar, eventualmente colidindo com outro veículo e capotando o carro.

Ao saírem dos destroços, a perna de Sarah ficou ferida, e Joel precisa carregá-la enquanto ele e Tommy correm para um bar, sendo perseguidos por humanos infectados. Tommy fica no bar para afastar os infectados e diz a Joel para ir para a estrada, onde os encontrará depois.

No caminho, sendo perseguidos por infectados, Joel e Sarah são salvos por um soldado, que atira em seus perseguidores. No entanto, quando ele pergunta a seus superiores como lidar com Joel e Sarah, o soldado é instruído a eliminá-los. Joel tenta argumentar com ele, mas o soldado abre fogo. Joel tenta escapar, mas cai, derrubando Sarah no processo.

O soldado então caminha até Joel para terminar o serviço, mas Tommy chega na hora e o mata antes que ele possa fazer isso. Joel então corre para Sarah, descobrindo que ela havia levado um tiro no abdômen. Apesar de seus melhores esforços, a menina morre nos braços do pai.

A história acompanha o desenvolvimento da relação entre Joel e Ellie, inicialmente ambivalente e relutante. A dinâmica entre eles torna-se uma relação pai-filho enquanto superam desafios e lutam pela sobrevivência. O jogo também destaca a capacidade de reconstruir o mundo diante da tragédia, com heróis redescobrindo a natureza e se conectando com a vida selvagem, sinais de esperança para o futuro, mesmo em meio ao caos e à destruição. 

O jogo se passa 20 anos após a destruição da civilização moderna, que entrou em colapso devido a uma mutação fúngica que transformou os hospedeiros humanos (ou infectados) em seres perigosos com tendências canibais, ou seja, zumbis fugitivos.