Após o incidente na mansão, S.T.A.R.S. Os sobreviventes tentam alertar sobre os perigos da pesquisa da Umbrella, mas o caso é intencionalmente encerrado pelo chefe de polícia e pelos S.T.A.R.S. parou. A conta chega e Raccoon City está agora destinada a cair no caos. Os poucos sobreviventes do apocalipse zumbi se esconderam, sabendo que é apenas uma questão de tempo até que encontrem o mesmo destino trágico que a maioria da população da cidade. Entre os sobreviventes estava Jill Valentine, que permaneceu no Raccoon para investigar a Umbrella. Na madrugada de 27 para 28 de setembro, ele teve que sair de um prédio em chamas e enfrentar ruas cheias de cadáveres.

 Ele se escondeu até o amanhecer em um armazém com Dario Rosso, um civil cuja família não sobreviveu. Dario se recusa a deixar o local, embora Jill lhe diga que ele deve encontrar uma maneira de deixar a cidade sozinho. No momento da fuga, o ex-S.T.A.R.S. Ele passa pela delegacia (RPD), onde se depara com o brutal assassinato de seu colega Brad Vickers por uma estranha entidade chamada Nemesis. Gritando o nome de seu ex-time, Jill sabia que agora era o alvo principal, com Nemesis em seu encalço onde quer que fosse. Durante o surto de zumbis em Raccoon City, a Umbrella enviou mercenários das forças especiais U.B.C.S. Com o propósito certo de salvar a sociedade. Jill conhece um dos soldados, Carlos Oliveira, mas questiona o motivo de ele ter sido enviado para a cidade, considerando que a Umbrella é a responsável por tudo o que aconteceu. 

Carlos os aconselha a permanecerem juntos para sobreviver, mas Jill está cautelosa. Encontrando uma reunião de soldados em um teleférico danificado, ele finalmente desiste e prepara um plano para reiniciar o bonde para pegar a estrada para Roma com Carlos, o tenente Mikhail Viktor gravemente ferido e o comandante Nikolai Zinobayev. torre. O relógio é um ponto de mineração para os soldados da cidade. Mas Nikolai tinha outros planos. Ele não era apenas o comandante do grupo, como afirmava. Para atingir seu objetivo de deter Jill e sua equipe, ele finge a própria morte e quando Jill e Carlos se reencontram no bonde com tudo que precisam para recomeçar, ele avisa Nikolai que não poderá se juntar a eles. .

 O bonde funciona, mas a alegria não dura muito, já que Nemesis embarcara junto com eles! Jill tenta detê-lo, mas Mikhail, sabendo que sua morte é uma questão de tempo, decide se sacrificar para ajudar Jill e Carlos, explodindo o vagão com uma granada. Isto causa uma pane nos freios do bonde, e Jill salta do trem, antes que ele colida violentamente com a muralha da Torre do Relógio. Jill e Carlos felizmente sobrevivem à colisão, e se reencontram dentro do prédio, para combinar de tocar o sino da torre, que é o sinal para o envio do helicóptero que irá salvá-los. 

Eles só não contavam com o fato de que o Nemesis também resistira à explosão causada por Mikhail, e que os havia seguido até lá. Jill toca o sino e desce até o pátio do local, mas Nemesis derruba o helicóptero com um tiro de seu lança-foguetes. E achando que as coisas não poderiam piorar, elas acabam piorando muito mais: a criatura infecta Jill com o T-Virus. Mesmo debilitada, ela consegue derrotá-lo. Carlos a leva para a capela da torre, desacordada.