É neste episódio também que surge a grande ameaça do Wither Storm, criado com um bloco chamado Command Block pelo vilão Ivor que acaba por perder o controle do monstro. A ameaça do Wither se torna o arco principal do jogo pelos quatro primeiros episódios e leva Jesse a procurar por uma equipe de heróis lendários, A Ordem da Pedra.

Episode 2: Requer Montagem

Uma curiosidade do segundo episódio é que ele seria de certa forma “duplo”, pois contém duas histórias, porém elas são mais curtas do que o normal. De acordo com a sua escolha no final do Episódio 1: A Ordem da Pedra, você será enviado para recrutar Ellegaard, a engenheira de Redstone, ou Magnus, especialista em explosivos.

Cada um dos integrantes da Ordem da Pedra possui sua própria história na qual precisarão do auxílio do jogador para resolver problemas. Ao final do episódio você terá recrutado o personagem que escolheu e o amigo que você deixou para trás, Axel ou Olivia, terá recrutado o outro integrante da Ordem.

Em Boom Town jogadores encontrarão uma cidade caótica na qual todos lutam para se tornar rei ao derrotar Magnus, enquanto em Redstonia a engenheira Ellegaard não deseja ser perturbada até completar sua nova criação. Após recrutar ambos o grupo decide ir atrás do terceiro membro, Soren, cuja fortaleza nas montanhas pode conter um tipo de explosivo chamado Formidi-Bomb, poderoso o suficiente para derrotar o Wither Storm.