Blacksite: Area 51 é um jogo de tiro em primeira pessoa baseado em liderança e trabalho em equipe.
Elementos do jogo e eventos que ocorrem ao longo do jogo fazem com que os personagens entrem em conflito moral, que pode ser explorado de várias maneiras.
BlackSite Area 51 Você assume o papel de Aeron Pierce, um comandante das forças especiais que deve impedir que alienígenas invadam uma pequena cidade em Nevada, EUA.
A maior diferença no jogo é a necessidade de usar sua equipe taticamente com ordens como quebrar portas ou fornecer cobertura.
Soldados subordinados cumprem suas ordens, no entanto, se o jogador não for um líder responsável, eles são atormentados pela desilusão ideológica, frustração e fadiga.
A arma principal do jogo, a carabina M4, tem uma mira holográfica que dá zoom em alvos distantes.