Baseado na série animada do Cartoon Network, The Generator Rex: Agent of Providence coloca os jogadores no controle de Rex, um adolescente que usa nanotecnologia em seu corpo para se tornar a arma definitiva. No jogo, Rex corre contra o tempo para impedir que Van Cleese e seus lacaios ganhem poder sem precedentes para destruir a Terra! Conhecidos como Organismos de Alteração Excessiva (EVOs), esses vilões são “nanopartículas” que transformam seus hospedeiros em monstros cruéis. Com a ajuda de Rex, uma organização chamada Providence é criada para combater esses vilões. Os jogadores irão batalhar nas selvas, desertos escaldantes e no coração das grandes cidades em busca de projetos para criar armas maiores e melhores contra EVOs cada vez mais poderosos.