Mortal Kombat: Shaolin Monks é um jogo de aventura que conta os eventos de Mortal Kombat II, começando com o resultado do torneio ocorrido no primeiro Mortal Kombat. O jogo tem como personagens principais dois

membros da ordem Shaolin, Liu Kang e Kung Lao, e retrata a luta da dupla contra os planos de Shang Tsung de dominar a Terra.

O jogo apresenta três modos principais de jogo. Além de um modo para um jogador, Shaolin Monks traz um modo cooperativo, em que dois jogadores podem trabalhar juntos durante o jogo e acessar áreas proibidas ao modo de um jogador. Existe também um modo para que dois jogadores se enfrentem nas arenas mostradas durante o jogo. Além disso, os jogadores podem experimentar uma versão emulada de Mortal Kombat II.

Além de Liu Kang e Kung Lao, o jogo conta com a presença de outros personagens da série. Alguns surgem para ajudar os protagonistas, como Raiden, Johnny Cage e Sub-Zero, enquanto outros são os chefes do jogo, como Mileena, Reptile, Scorpion e Shao Kahn. Tais personagens podem ser controlados nos modos versus.

Shaolin Monks apresenta um sistema de combate multi-directional, que dá aos jogadores a habilidade de atacar qualquer inimigo que os cerque com fluidez. Ainda é possível realizar combos contra diversos oponentes e até mesmo dar continuidade a eles após lançar o inimigo ao ar com ataque poderosos ou arremessos. Os protagonistas utilizam diversos golpes de jogos anteriores e podem se tornar mais fortes ao ganhar pontos de experiência. O ambiente tem papel vital no jogo, pois diversas ameaças podem eliminar os inimigos automaticamente.

O jogo também traz de volta os Fatalities, marca registrada da série. Através da utilização de combos, uma barra Fatality vai sendo preenchida, e após alcançar um certo grau, um Fatality pode ser realizado, idependente de quanta energia o oponente tiver. Os protagonistas têm diversos Fatalities diferentes, grande parte deles vinda dos jogos anteriores. O jogador também pode ter acesso aos Multalities, Fatalities utilizados em mais de um inimgo simultaneamente. O conceito de Brutalities, apresentado em Ultimate Mortal Kombat 3 é trazido de volta e modificado: ao realizar o Brutality, o jogador tem acesso a ataques mais poderosos por um tempo determinado

Um torneio ocorre na ilha de Shang Tsung. Enquanto o feiticeiro observa sentado em seu trono, diversas lutas ocorrem. O monge Shaolin Liu Kang derrota Shang Tsung, e o gigante Goro surge para protegê-lo. Enquanto Goro destrái os demais, Shang Tsung cria um portal para Outworld e foge. Raiden aparece em seguida e informa que os outros lutadores devem fugir da ilha, pois a mesma está afundando no mar.

A maioria consegue fugir e procurar abrigo na Academia Wu Shi. Liu Kang e Kung Lao, porém, precisam lutar até alcançar um portal que os leve para a academia. Ao chegar, eles encontram Baraka e seu exército Tartakan atacando a Academia Wu Shi. Os Tartakans são derrotados, mas Baraka captura Sonya Blade. Raiden informa que Shang Tsung quer atrair os lutadores para Outworld, onde conseguiria atacá-los com seus asseclas e continuar no poder. Se obtiver sucesso em seu plano, Shang Tsung conseguirá conquistar a Terra sem vencer um torneio Mortal Kombat, o que é contra as regras.

Liu Kang e Kung Lao partem para Outworld tentando impedir o plano de Tsung, guiados por Raiden e ajudados por Johnny Cage. Durante a jornada, têm o apoio da princesa Kitana, conseguem salvar Sonya e derrotam Shang Tsung, mas precisam então enfrentar um outro oponente: o imperador de Outworld, Shao Kahn.

O jogo tambem tem participação marcante de Sub-Zero e Scorpion, tanto um tanto outro lutão contra Liu Kang e Kung Lao, tambem possui aparição apagada de Kabal, que aparece preso em uma jaula e o personagen precisa libertalo(única aparição), o jogador luta com todos os chefões do jogo começando com: Mileena,Jade,Kitana, Reptile, Baraka, Sub-Zero, Goro, Scorpion, Kano, Shang Tsung, Kintaro, Shao Kahn e tambem na warrior shrine voce luta com Ermac