Raiden e seus guerreiros falharam ao tentarem derrotar a Aliança Mortal, e Raiden luta sozinho contra Quan Chi e Shang-Tsung, sendo derrotado pelos dois. porém, antes que pudessem comemorar suas vitórias, com todo o exército ressuscitado, o próprio Rei Onaga ressurge e quer reassumir seu trono. Raiden se une aos feiticeiros para tentar derrotar Onaga, mas é em vão, então Raiden usa todo seu poder restante que acaba destruindo completamente o templo onde estavam, matando Quan Chi, Shang-Tsung, e ele mesmo. mas, o sacrifício de Raiden também foi em vão, pois a explosão do templo não fez nenhum arranhão em Onaga, que agora possui o poder do amuleto de Shinnok. agora, Onaga planeja obter os seis artefatos poderosos, conhecidos como Kamidogus, que possuem poder suficiente para destruir todos os reinos. Sabendo disso, um velho guerreiro chamado Shujinko reúne jovens guerreiros para alcançar a vitória. 

Mortal Kombat: Deception é o sexto episódio da franquia Mortal Kombat. Na sexta parcela da série de luta baseada no motor Mortal Kombat: Deadly Alliance, os jogadores devem lutar mais uma vez para deter esta nova ameaça. Os modos padrão Arcade, Versus e Practice retornam junto com novos itens encontrados na Cripta. Existem também novos modos Konquest Adventure, Chess Kombat e Puzzle Kombat disponíveis para novos jogadores.