O pano de fundo do jogo é Valdora, uma grande cidade completamente cercada por montanhas nevadas. Edward, Alphonse e Winry conhecem Sophie Belkman, uma garota de 1 ano  com cabelos grisalhos e olhos azuis claros que está sendo mantida em cativeiro pelo Guardião do Gelo Leonid. Quando  Edward tenta, sem sucesso, salvá-la dele, ela possui um estranho poder que faz com que uma luz dourada ilumine todo o céu. Leonid então recua, Sophie está ausente e os três correm para ajudar. 

Depois de aprender os nomes um do outro, Sophie imediatamente abraçou Edward e Alphonse, pressionando sua marca (um círculo deformado em forma de flor) na mão direita de Edward e no ombro de Alphonse, aprimorando suas habilidades em alquimia, e  os levou a procurar os Guardiões do Gelo, encontrar Vento, Terra e Fogo Uma solução para o mistério de Filza. Os irmãos conseguem escapar e derrotar 3 dos 

 guardas, ficando sem seus poderes. Eles completam sua jornada quando alcançam os níveis superiores do santuário de Vilza, onde encontram uma jovem Sophie que está possuída por Vilza como resultado de Zelgeus colocar a pedra vermelha  em seu peito. O esqueleto gigante sem rosto foi derrotado por eles, e Virza foi sugado para o subsolo, reaparecendo na forma humana ensanguentada com olhos brilhantes, formando um redemoinho de luz vermelha. A jovem Sophie consegue acalmar Velza abraçando-a, faz com que ela pare de chorar e desaparece após agradecê-la.