O jogo começa com Ben, tendo dificuldades para operar seu novo Superomnitrix no momento em que Gwen, Kevin e o próprio Benestão lutando contra os Cavaleiros Eternos, ao mesmo tempo que Jimmy Jones tenta manter contato com Ben. Enquanto isso um To’kustar é visto em uma tempestade cósmica distante. Ben percorre as catacumbas de Roma usando seus aliens para superar barreiras e obstáculos, até que ele encontra Vulkanus e seus lacaios. Ben usa Enormossauro Supremo para destruir os Mineiros Taedenites Depois de derrotar Vulkanus com o Enormossauro, Ben segue até o topo das ruínas onde ele encontra Enoch que está mais forte graças a um artefato alienígena.

Após derrotar Enoch, Ben retira o artefato de Enoch e de repente o vilão se transforma em pedra. Ben é então contactado por Jimmy que informa que ele está acompanhando uma tempestade cósmica que está na periferia da galáxia e que está indo em direção à Terra. Os Encanadores são expedidos para onde esta a tempestade cósmica. Depois que algumas naves de reconhecimento dos Encanadores são destruídas, o avião de Ben recebe um sinal de socorro que os aliens do Nulificador estão atacando Paris.Ben segue para lá para combater os alienígenas do Nulificador. Enquanto luta contra os alienígenas do Nulificador, Ben encontra os irmãos Vreedle que estão planejando roubar um artefato alienígena de um museu e que eles não são os caçadores de recompensa somente depois que o artefato. Depois de Ben derrotar os Irmãos Vreedle, Sunder chega e foge com o artefato alienígena e Ben vai atrás de Sunder. Durante sua busca, Ben se depara com uma televisão transmitindo “Nação Harenga”, como Will Harenga mostra imagens de alguém que quer ser mantido anônimo dizendo que Ben estava atacando a Itália e a França.

Ben, então, continua a perseguir Sunder e alcança-lo perto da Torre Eiffel. Ben consegue derrotar Sunder com Fogo Fátuo Supremo, apesar de alguns danos à Torre Eiffel. Ben, então, tenta se comunicar com as naves encanadoras, ele encontra uma metragem das naves encanadoras sendo destruídas por uma tempestade cósmica. Só então, Azmuth chega e menciona que a ameaça de que é responsável pela tempestade cósmica talvez demasiado poderoso para o Superomnitrix para proteger a Terra contra ele. Azmuth afirma que pode haver uma maneira de aumentar temporariamente o poder do Superomnitrix.

Ele explica que os seus antepassados científicos têm criado um dispositivo chamado Potis Altiare que podem melhorar qualquer tipo de poderes e foi descartado para a Terra, onde a atmosfera rasgou em pedaços e espalhado é pedaços na Terra. Embora a parte roubada por Sunder, era um fragmento do Potis Altiare, Ben descobre que o artefato que Enoch tinha era também um fragmento da Potis Altiare. Gwen descobre que a tempestade cósmica é também a forma como um ser To’kustar.

Enquanto isso, Psyphon é mostrado a falar com o To’kustar. Quando o To’kustar pergunta por que ele deixou de lado Vilgax, Psyphon menciona que ele só funciona para trabalhar com o mais forte e foi o mesmo que falou a Aggregor mas Aggregor disse que ele trabalha sozinho. Então o To’kustar dá ordens a Psyphon para ativar os DREs. Ben detecta atividade alienígena grande em Torre do Demônio em Wyoming Monumento Nacional. Ben dirige até lá para investigar,ele usa o Macaco-Aranha Supremo pra derrotar os DREs.ele tem um encontro com Karanguejo antes de ele se retire. Ben consegue correr até Karanguejo e derrota-lo. Ben, então, ajuda a um robô que orienta sobre o caminho para a próxima peça do Potis Altiare.

Ben, então, acaba tendo que lutar com Sete-Sete e consegue derrotá-lo e recupera outro fragmento do Potis Altiare. Psyphon e o To’kustar viram imagens de Ben como Fogo Fátuo Supremo derrotando os “Dres”, que faz a To’kustar irritado. Enquanto isso, Gwen tenta localizar as outras peças do Potis Altiare. Ela consegue acompanhar a peça ao lado da Grande Muralha da China. Na Grande Muralha da China, Ben acaba lutando contra um exército de soldados de terracota que têm vindo a vida. Ben se encontra com o General de terracota que traz os outros soldados de terracota na área para a vida. Com Friagem Supremo, Ben consegue congelar e destruir General de Terracota. Ao fazer o seu caminho para uma base da montanha, Ben acaba lutando com um dragão de Terracota, e o derrota, e pega outro fragmento do Potis Altiare.

Enquanto isso, o To’kustar diz a Psyphon para ele enviar um dos seus Dres para capturar um dos mais fiéis aliados de Ben e colocar esse aliado sob o controle dos To’kustars. Ben recebe uma transmissão de Cooper afirmando que ele está sendo atacado. Chegando em Tóquio,Ben luta contra Cavaleiros Eternos Ninja. Enquanto nos telhados de Tóquio, Ben encontra Zombozo que menciona que Cooper esta ocupado com alguns amigos dele. Como Macaco-Aranha Supremo, Ben consegue derrotar Zombozo que acaba nas teias dele. Ben continua sua busca por Cooper, onde consegue encontra-lo em uma fábrica de fios, a um dispositivo e sob o controle do To’kustar. Ben consegue livrar Cooper, mas um dos fragmentos do Potis Altiare ficou danificado. Enquanto isso, a tempestade cósmica esta indo da lua para a Terra, que danifica a base lunar que Louie está.

Ben envia Cooper de volta até receber ajuda dos Encanadores, ele pode encontrar ajuda para a defender a Terra. Os hologramas dos Galvans (ancestrais de Azmuth) modificaram o Superomnitrix de Ben com um mapa que leva até a Floresta Amazônica. Chegando na Floresta Amazônica, Ben acaba lutando com alguns DREs que agora também estão juntos com Tenentes DRE.

Depois de bater em um esquadrão deles com Eco Eco Supremo em uma base de estacionamento, Ben continua a busca para o fragmento do Potis Altiare onde ele acaba parando um míssil nuclear de lançamento só para acabar de sair da base que esta em contagem de auto-destruição. Apesar de fugir da autodestruição, Ben acaba correndo para os Irmãos Vreedle que menciona que os derrotados em Paris eram alguns dos seus clones. Ben consegue derrotar os irmãos Vreedle e reivindicar o fragmento do Potis Altiare.

Enquanto isso, os relatórios de Harangue que recebeu imagens de uma fonte anônima e afirmando que Ben tinha “atacado” a Grande Muralha da China, Tóquio, e a Floresta Amazônica, enquanto culpando-o por trazer uma tempestade cósmica de destruição a Terra. Ben desconfia que Jimmy pode postar imagens dele lutando em seu site que está sendo alimentada ao longo de Will Harenga novamente.

Ben, então, recebe uma transmissão de Psyphon exigindo que Ben entrega o Potis Altiare para que o To’kustar para poupar a Terra. Quando Ben afirma que um Galvan poderia ter dito a Psyphon sobre o Potis Altiare, Azmuth aparece dizendo que os Galvans preferiam morrer do que dar os seus segredos para alguem. Ben afirma que ele tem de voltar para Roma a fim de obter a peça do Potis Altiare que ele deixou desmarcada. Azmuth usa o teleporte do Superomnitrix de Ben para chegar a Roma. Ben chega ao Coliseu, onde ele encontra o capitão Nemesis, que revela a Ben que ele vazou o filme com Will Harenga antes de ele deixar.

Ben consegue pegar até o capitão Nemesis, que ainda acusa Ben de arruinar sua carreira. Depois de Ben derrotar o capitão Nemesis, o fragmento Potis Altiare cai no esgoto e direto nas mãos de Psyphon, e Ben persegue ele. Após ter derrotado Psyphon, Ben está prestes a se transformar em Gigante, quando a tempestade cósmica atinge a Terra, dando a Psyphon a oportunidade de escapar. O To’kustar chega ao Japão e ataca. Luta seu caminho através dos DREs, Ben acaba de ver o atacante To’kustazr.

Ben se move o pensamento de Tóquio para o To’kustazr ao resgatar as pessoas. Quando Ben como Enormossauro (crescido) tenta combater o To’kustazr, ele é facilmente derrotado e jogado na água. Como sumidouros de Ben ao fundo, o Superomnitrix reúne as partes do Potis Altiare sobre si mesmo como Ben se transforma em Gigante para impedir o To’kustar. Ben derrota o To’kustar, limpa a tempestade cósmica da Terra. O Potis Altiare desaparece ao largo do Superomnitrix, Ben recebe uma transmissão de Jimmy indicando o mais recente trailer de “Sumo Slammers 2: Electric Slammeroo” que apareceu na internet.

Jimmy também afirma que o To’kustar aterrou na lua e desapareceu. Enquanto isso, o To’kustar acaba por ser Albedo esse tempo todo que mencionou que ele passou um ano e um dia para salvar a tempestade cósmica e obter o DNA To’kustar desde o dia em que Ben destruiu o Omnitrix. Quando Albedo fala que a situação não poderia ficar pior, Louie aparece e bate em Albedo com sua chave (por ele ter destruido sua base no inicio do jogo) Albedo grita “Ow. Oo. Ouch. Oo. Oh. Na cara não! Nacara não!”