Os jogadores irão experimentar a emoção de Ben 10: Omniverse em um novo jogo de ação, onde descobre que os eventos incontáveis ​​do passado estão afetando o presente. Jogando como Ben adolescente e Ben jovem junto ao seu novo parceiro Rook para derrotar os planos malignos de Malware, em uma história épica que se estende por dois períodos de tempo! Com  16 alienígenas à sua disposição, incluindo novos alienígenas como Bloxx, Shocksquatch e Gravattack, e lutar em 11 níveis cheios de ação (18 no DS e 3DS) em toda a cidade subterrânea alienígena Cidade de Baixo e outros lugares inspirados pelo show.

Você pode jogar de 1 a 2 jogadores,o que deixa o jogo mais divertido por poder interagir com um amigo.O jogador 1 será sempre o Ben quanto o 2 sempre será seu parceiro,Rook. Em nenhum outro jogo teve tantos alienígenas. O jogo conta com um motor gráfico aceitável, mas não impecável. O modo de jogo é lutar, resolver puzzles e avançar, porém os puzzles não são muito difíceis, fazendo o jogador se divertir.

Quando uma modificação no Omnitrix de Ben dá errado, seu novo parceiro, Rook é enviado de volta no tempo, encontrando Ben a partir de quando ele tinha 11 Anos. Rook e Ben entrão em uma briga quando o vilão Malware absorve a Proto-Arma de Rook, levando a um terrível futuro alternativo. Jogue com o Ben adolescente, o Ben jovem e seu novo parceiro Rook para resolverem o problema, corrigir o passado e presente e derrotar os planos malignos de Malware.