Virgax, o maior inimigo de Ben, voltou com um exército de inimigos perigosos para conquistar todos os planetas do universo. Então, com seu plano de destruir a Terra, Psiphon abre o vazio para liberar alienígenas em Belwood. Quando Ben vê os alienígenas invasores e está prestes a se tornar um herói, Irony aparece e diz que agora não é hora de usar o Alien X.O paradoxo desaparece e Ben, Gwen e Kevin partem para lutar contra os alienígenas. Quando Ben vê Psiphon no telhado, ele finalmente liberta as criaturas e os robôs de Ben, e Ben vai até o telhado onde está Psiphon, acabando lutando contra Psiphon e as outras criaturas e robôs. Quando Psiphon é derrotado, ele desperta uma imagem do Sr. Sorvete no outdoor e ataca Ben.
Ben usa uma combinação alienígena de Enormossauro, Eco Eco, Fogo Fátuo, Cromático, Macaco-Aranha, Calafrio, Raio-Jato, Chuva e Gosma para destruir o Sr. Gelo. Depois de derrotar o Sr. Ice, Ben volta ao normal e descobre que o Omnitrix está com defeito. Azmuth chega e informa a Ben que sua evolução contínua de vários alienígenas colocou o Omnitrix no modo de redefinição. Ben informa a Azmus que a Terra foi dominada, e Azmus, acreditando que o planeta precisa ser recarregado, diz a Ben para usar o Omnitrix com sabedoria. Gwen e Kevin se juntam a Ben.
Quando ele estava prestes a dizer a eles que o Omnitrix estava em modo de reinicialização, Paradox apareceu e disse que era tarde demais para salvar o planeta. Embora Paradox não volte no tempo, ele envia uma mensagem do vovô Max, que diz a Ben, Gwen e Kevin para encontrá-lo no Planeta Fox. 

Para chegar a Wolpin, pergunte a Ben Heep.Chegando em Volpin, Ben descobre a marca de um encanador com uma mensagem do vovô Max dizendo que o exército de Vilgax invadiu Volpin e está usando a refinaria de petróleo local para criar a tecnologia desconhecida Vilgax Sri Lanka. Em Vulpin, Ben encontra uma cobra de duas cabeças e, após derrotá-la, Ben se vê em conflito com os irmãos Friedel (de Devolution). Ben encontra um distintivo de encanador, que diz a Ben para ir a Tiradino para outra missão.Chegando em Terradino, Ben descobre uma placa de outro encanador com uma mensagem do Vovô Max informando que Terradino foi ocupado pelas forças de Vilgax, mas ainda não localizou o núcleo de poder. Vovô Max também mencionou que o núcleo de energia está em um templo próximo. Ben finalmente confronta o feiticeiro, que desliza monstros de pedra maiores em Ben. Quando Gwen e Kevin descobrem o núcleo da Força, Ben derrota e destrói o mago. Ben encontra outro sinal de encanador com uma mensagem do vovô Max dizendo que ele tem negócios urgentes para resolver para o Cérebro Quatro, e também vê um velho inimigo de Ben lá.