Separada de seus pais, Fayt Leingod e sua amiga Sophia Esteed devem se encontrar e se recuperar de uma ameaça alienígena. Depois disso, os dois precisam concluir missões e subeventos adicionais que não estão relacionados a encontrar um ao outro. Essa narrativa não linear exige que você influencie os eventos de novas maneiras para localizar a família de Fayt. Crie e equipe seus personagens, depois conquiste a terra com eles lutando e movendo-se juntos no campo de batalha. Até três personagens podem lutar e se mover simultaneamente.
O jogo tira proveito do sistema de combate interativo em tempo real da série com seus muitos novos elementos. Em vez de encontros aleatórios, o jogador enfrenta encontros inimigos sempre que eles entram no campo de viagem principal. Eventos adicionais são programados no jogo – como inimigos encontrados ao viajar por certas áreas – que também desencadeiam batalhas. Durante o combate, os jogadores assumem o controle de um grupo de três membros, como em Star Ocean: Blue Sphere. Um jogador controla as táticas usadas por um segundo personagem controlado por IA.