Na atmosfera cheia de gás e devastada pela guerra de Nu Earth, Rogue Trooper é um soldado de infantaria genético, parte de um esquadrão de elite de soldados clones projetados para superar a atmosfera hostil da Terra e lutar desimpedido com o inimigo da República do Norte. Combate. Depois testemunhando seu esquadrão traído e aniquilado no Massacre de Quartzo, Rogue se esconde, determinado a caçar o traidor que deixou seus companheiros mortos. Equipado com o mais recente armamento experimental, o arsenal de Rogue dá a ele uma vantagem fundamental sobre seus oponentes; biochips codificados contendo as personalidades digitais de seus camaradas caídos são armazenados em suas armas, capacete e mochila, cada um oferecendo sua própria especialização única Com conhecimento e assistência, Rogue pode derrotar estrategicamente um inimigo sofisticado.