A história de Pokemon Ruby e Sapphire é praticamente idêntica a Ruby e Sapphire. Tem lugar no continente Hoenn e apresenta personagens principais masculinos ou femininos. Seu rival, se escolhido, será escolhido como personagem do sexo oposto May. Por outro lado, Brendan é seu rival se você escolher Sapphire. Quando o jogador faz a transição de Goldenrod City em Johto para Littleroot em Hoenn, ele encontra o Professor Birch. Zigzagoon então tenta atacar o jogador, mas é salvo por uma escolha entre três Pokémon na mochila de Birch. Essas escolhas são Torchic, Mudkip ou Treeko, que representam fogo, água e grama. Ele encontra um dos atletas rivais contra quem ele compete na Elite 4. O encontro revela que ele capturou um Ralts como seu primeiro Pokémon. Além disso, isso faz com que ele comece a procurar a vitória contra o corpo de quarto escalão.